이싸움에끝이보이지않아.내가할수있는건.결정지어진운명인가,싸워나갈자유인가!유전자조작으로뛰어난신체능력과두뇌를갖춘‘코디네이터’와자연그대로태어난인류‘내츄럴’이여전히서로를증오하는시대.엇갈린이념과충돌로인해끊임없이전쟁은지속된다.사태를진정시키고자‘라크스’를초대총재로한세계평화감시기구‘컴퍼스’가창설되고,‘키라’와부대원들은‘컴퍼스'의일원이되어각지에서벌어지는전투에참여한다.하지만신흥국'파운데이션'이반코디네이터조직인‘블루코스모스’공격을제안하면서우주는또다른불길에휩싸이게되는데...