홋카이도하코다테에있는‘오노에’재벌가의창고에‘괴도키드’의예고장이도착한다.‘빅주얼’만을노리는키드가이번에노리는것은과거신선조귀신부장‘히지카타토시조’와얽힌전설적인검.검술대회에참가하기위해하코다테에방문한‘핫토리헤이지’와그를응원하기위해온‘코난’일행도괴도키드를막기위해사건에뛰어들게된다.한편,가슴에열십자(十)모양의자상을입은시신이발견되고‘죽음의상인’이라고불리는무기상이용의자로지목된다.그역시괴도키드가찾는검을노리고있었고,그검이오노에가문이세대에걸쳐지킨보물을찾을열쇠임이밝혀진다.검을쫓는키드에게수수께끼의검사가습격해오고,절체절명의위기가닥쳐오는데…!검에숨겨진‘진실’이어두운밤을베고달빛아래드러난다!